Mikrobiologi pangan adalah studi terhadap mikroorganisme yang mendiami, membuat, hingga yang merusak makanan.[1] Probiotik yang merupakan bakteri yang baik, menjadi sub-bidang pembahasan yang penting dalam mikrobiologi pangan.[2][3][4] Mikroorganisme juga merupakan bagian penting dalam berbagai jenis bahan pangan seperti keju, yoghurt, roti, bir, tempe, dan oncom.